Este método é grande para detectar quantidades mínimas de methylation aberrante do ADN. As primeiras demão são projetadas que sobrepor com os dinucleotides de CpG, e o ADN é tratado com o bissulfito do sódio como mencionado previsouly. A vantagem deste método, é que não há nenhuma necessidade para nenhumas etapas após o PCR, como usa o PCR fluoresence-baseado do tempo real, Taqman, tecnologia.