Η υψηλής απόδοσης υγρή χρωματογραφία (HPLC) χρησιμοποιείται ως μέθοδος στο χωριστό DNA ή τα πρωτεϊνικά μόρια συχνότερα, σε βάρος καθώς επίσης και από τη διαμόρφωση. Αυτό γίνεται μέσω των διαφορών των μορίων στη διανομή τους μεταξύ μιας στάσιμης φάσης και μιας κινητής φάσης, η οποία πραγματοποιείται από την υψηλής απόδοσης μηχανή υγρής χρωματογραφίας (HPLC). Οι αλλαγές πίεσης στο σύστημα, επιτρέπουν μια μεγαλύτερη ικανότητα ψηφίσματος. Αυτή η μέθοδος επιτρέπει τον ακριβή προσδιορισμό της ποσότητας του συνολικού ποσού 5 methylcytosines το σε ολόκληρο γονιδίωμα.